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核糖核酸酶R (Ribonuclease R，RNase R)来源于大肠杆菌RNR超家族，是一种镁离子依赖性的3'—5'核糖核酸外切酶，可从3'—5'方向将RNA逐步切割成二核苷酸和三核苷酸。RNase R几乎能够消化所有线性的RNA，但不易消化环状RNA、套索结构RNA和3'端突出少于7个核苷酸的短双链RNA分子。RNase R常用于基因表达和可变剪切研究，可消化线性RNA以富集环状RNA或套索结构RNA。

• 基因表达研究；
  
• 可变剪切研究；
  
• 从生物样本中富集circRNA；
  
• 识别内含子套索结构RNA；
  
• 鉴定外显子circRNA。

• 实验前应清洁工作台，准备所需的无RNase物料，降低或排除实验室使用中的溶液、EP管、吸头等RNase残留影响；
  
• RNase R的活性需要0.1～1.0mM Mg²⁺；
  
• 随底物RNA的增加，可适当延长消化时间和增加酶量；
  
• 有些circRNA或套索结构RNA在经长时间RNase R消化会导致丰度降低，可能是因为其耐受RNase R消化能力弱；
  
• EDTA会影响RNase R的活性。

图1．circRNA消化实验： M：DNA Ladder； 泳道1：阴性对照； 泳道2：0.5U RNase R与1μg circRNA孵育； 泳道3：1U RNase R与1μg circRNA孵育； 泳道4：2U RNase R与1μg circRNA孵育。	图2．Total RNA消化实验： M：DNA Ladder； 泳道1：本RNase R； 泳道2：竞品RNase R； 泳道3：阴性对照。	图3．ssRNA消化实验： M：DNA Ladder； 泳道1：本RNase R； 泳道2：竞品RNase R； 泳道3：阴性对照。

• RNase R消化实验
  

  成分	用量
  RNA样本	≤5μg
  RNase R（20U/μL）	2～4U/μg
  10×RNase R Buffer	2μL
  RNase-Free Water	至20μL

  • 1μg RNA样本使用RNase R为2～4U。
  37℃消化10～30min；
  
• 失活步骤：
  70℃反应5min可使酶失活（如后续进行样本纯化回收，该步骤可省略）；
  
• 纯化回收：
  消化后的RNA可使用苯酚∶氯仿∶异戊醇（25:24:1，V:V）溶液抽提，再使用乙醇沉淀回收。也可以使用RNA纯化柱或磁珠进行纯化回收（如进行纯化回收，可忽略酶失活操作步骤）。