产品货号:
BTN51102
中文名称:
细菌RNA提取试剂盒
英文名称:
Bacterial RNA Purification Kit
产品规格:
100T
发货周期:
1~3天
产品价格:
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本制品是在根据细菌特点设计的细菌总RNA提取试剂盒。它基于异硫氰酸胍/酚/氯仿提取RNA原理,可用于包括E.coli、Campylobacter fetus、Pseudomonas aeruginosa、Rhodobacter sphaeroides等各种常见的革氏阴性细菌。如果需要提革氏阳性细菌(如Bacillus subtilis、Staphylococcus aureus等)的RNA,可以选择本公司的真菌RNA纯化试剂盒。
- 操作简单快速,只要十分钟左右,可以全在室温下进行。
- 所得RNA质量高,OD260/OD280一般在1.9,基因DNA污染低。
- 灵敏度高,可以从一个菌落中提取到普通电泳能够检测到的总RNA。
组分 | 规格 |
细菌RNA纯化溶液 | 100mL |
说明书 | 1份 |
保存:4℃,有效期一年。
氯仿,异丙醇,75%乙醇,RNA溶解液。
- 在1.5mL塑料离心管中离心收集0.2~1.5mL新鲜细菌(注意:由于细菌RNA半衰期十分短,所以必须使用最新鲜细菌),吸尽液体培养基,加入1mL细菌RNA纯化溶液并用枪充分吹打,确保细菌全部裂解并且没有块状物。
如果使用菌落,则用接种环小心将其转移到装有1mL细菌RNA纯化溶液的1.5mL塑料离心管中,用移液枪吹打均匀。在细菌数较少时,建议使用核酸助沉剂以提高RNA回收率。 - 加入0.2mL氯仿,在振荡器上充分振荡混均30秒(必须将管底的液体振荡起来,否则不能有效将DNA打断和去除蛋白质)。
- 14000g室温离心3分钟。上清液无色,下层液呈篮色,中间为蛋白质。小心将上清液转移到另一干净1.5mL塑料离心管中,上清液体积约为0.6mL。为避免触及中间层的DNA和蛋白质,建议分小量多次吸取,并且只取0.5mL,留0.1mL左右不取。当细菌数量较少时,中间层将十分松散,上清时很容易吸到下层有机相,需要更加小心。
- 在上清液中加入等体积的异丙醇,振荡器上振荡混均30秒。
- 14000室温离心3~10分钟,RNA将在管底侧面形成沉淀。
- 小心吸弃上清液,注意不要吸弃RNA沉淀。
- 在离心管中加入1mL 75%乙醇,振荡器上振荡混均30秒。
- 14000g室温离心1分钟。
- 小心吸弃上清液,注意不要吸弃RNA沉淀。
- 短暂快速离心,用移液枪小心吸弃残留液(约50μL)。
- 室温开盖短暂放1~2分钟后加入适量RNA-free水使RNA沉淀溶解。所得RNA溶液可以立即使用或存放于-80℃长期保存。
- RNA完整性的电泳检测:如果需要做Northern杂交,强烈建议用户使用甲醛变性胶进行RNA电泳,因为非变性胶不能分离所有的RNA分子。如果是简单检测,可以使用TAE电泳液,但文献报道必须使用变性上样液。普通DNA上样液不含变性剂,也没经过去RNase处理,所以最好不要使用。尤其需要注意的是不要使用TBE进行RNA电泳,因为TBE所含硼酸是研究多糖的经典方法——硼酸络合法中的关键成分,硼酸通过与RNA核糖中的羟基发生络合反应,形成RNA分子内或RNA分子间的络合复合物,使同样长度的RNA具有不同的泳动速度,电泳条带弥散,同时有大的RNA络合复合物迟留在加样孔中(一般会误以为是基因组DNA污染)。RNA分子内或RNA分子间的络合物的形成的多少和比例又与硼酸与RNA的数量比例有关,而RNA样品中污染的其他多糖(如植物中提取的RNA)也会参与此反应,使硼酸对RNA电泳的影响更复杂,所以TBE对RNA电泳的影响没有规律性和重复性。有的样品可以使用有的又不行,最好是避免使用。
由于细菌细胞中70~80%的RNA为rRNA,后者又由23S (约3700nt),16S (约1700nt)和5S (约100nt)三种组成,所以变性胶电泳后应该在UV下看见三条清晰的rRNA带。由于核酸长度与结合EB的数量成正比(当然还与RNA的二级结构有关,双链部分结合能力比单链部分强),所以23S rRNA条带的荧光强度一般比16S rRNA条带的荧光强度强2倍。
如果这两条rRNA带不清晰或比例小于此范围则表示RNA有降解(因为大的RNA被酶降解的可能更大)。 - RNA产量产率测定:将5~10μL RNA溶于TE缓冲液中(pH7.5~8.2之间)检测其在OD260的光吸收。通过光吸收可以得出RNA浓度(1 OD260的RNA=40μg/mL),进而计算出RNA的产量和产率。注意不要将RNA稀释在DEPC水中检测OD260和OD280,否则光吸收比在TE中测得的低10%~15%,因为核酸光吸收跟溶液pH相关,而DEPC水中的DEPC高压分解后产生的CO2与水反应生成碳酸,使溶液pH降低进而降低RNA的光吸收。
- RNA纯度测定:无污染的总RNA的OD260/OD280一般在1.8~2.1之间(具体数值与其碱基组成和溶液成分等多种因素有关),OD260/OD230一般在2.0~2.3之间,如果低于或高于此范围则分别表示样品可能有蛋白质或多糖的污染,但一般不影响RT-PCR等反应。蛋白质污染可以通过酚/氯仿抽提一次然后酒精沉淀去除,DNA和多糖污染可以分别用DNA清除剂和PS清除剂去除。
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