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磺化Cy5.5是一种发近红外(NIR)荧光的花青素类荧光染料。磺化Cy5.5是磺化修饰过的Cy5.5，水溶性好。磺化Cy5.5的消光系数高，荧光也很亮，并且对pH不敏感，并且由于它的荧光波长（Em：706nm）恰好处于肌体组织近红外窗口I的区域（肌体的血液，体液和组织此区域背景荧光弱，而长波长穿透性强），所以磺化Cy5.5常应用于小动物活体体内成像中。磺化Cy5.5可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸分子等。由于强水溶性加带电荷，磺化花青素标记的生物分子更稳定，不易产生疏水性聚集。

伯胺基(primary amine)是生物标记反应中常用的基团。蛋白表面赖氨酸侧链(residue)官能团就是伯氨基，伯胺基可以和NHS活化酯(N-羟基琥珀酰亚胺酯，N-hydroxysuccinimide ester，succinimidyl ester)，异氰酸酯(isothiocyanate,ITC)或其它活化基团反应生成稳定链接，从而把Cy5.5分子连接到目标分子上。

磺化Cy5.5-伯胺的水溶性非常好，所以可以在水相的标记反应体系中直接使用，不需要有机溶剂助溶，特别适合标记对有机溶剂敏感的生物分子。另外磺化Cy5.5水溶性极好，并且染料分子本身带电荷，标记到蛋白表面后不会引发疏水性蛋白聚集，提高荧光标记产物的稳定性。磺化Cy5.5-伯胺也溶于甲醇，DMSO，DMF等有机溶剂，标记反应也可以在纯有机溶剂中进行。如需脂溶性Cy5.5染料，可选择普通花青素，即Cy5.5-NHS活化酯(D10026)。

磺化Cy5.5-伯胺标记后的产物Ex/Em是678/706nm。和它具有相似荧光特性的染料包括Alexa Fluor 680，DyLight 680等。

CAS号	2183440-46-0
分子式	C46H54K2N4O13S4
分子量	1077.40
结构式
光谱特性	Ex/Em＝678/706nm (PBS缓冲液)
消光系数	211000L·mol-1·cm-1
量子产率	0.21
外观	深蓝色固体
溶解性	易溶于甲醇，DMF等有机溶剂，极易溶于水
保存条件	避光，干燥，-20℃保存

• 使用不含氨基的缓冲体系。比如磷酸钠缓冲液（PBS），Hepes缓冲液，碳酸氢钠缓冲液；或硼酸缓冲液等。不要使用任何含伯胺或仲胺的缓冲液，比如Tris，甘氨酸等，它们会和Cy5.5上的伯胺竞争。高浓度咪唑(imidazole)也会影响反应。
  
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂白。