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磺化Cy3.5是一种发红色荧光的花青素类荧光染料。磺化Cy3.5是磺化修饰过的Cy3.5，水溶性好，它在显影时可以用561nm或者594nm的激光束激发然后用Texas Red或相似的滤片观察，所以也是一种非常常用的标记染料。磺化Cy3.5可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸分子，纳米粒等。

磺化Cy3.5水溶性非常好，可在水相标记反应体系中直接使用，不需要有机溶剂助溶，特别适合标记对有机溶剂敏感的生物分子。另外由于强水溶性加染料分子本身带电荷，磺化Cy3.5标记到生物分子表面后不会引发疏水性聚集，提高荧光标记产物的稳定性。

炔烃(alkyne)是常用生物标记基团。通过铜催化点击化学反应(CuAAC)，炔烃可以和叠氮(azide)生成稳定的生物链接。点击化学反应效率很高，可在水相中(也可有机相)快速完成，即便在低浓度(μM)下。点击化学反应技术发展很成熟，各种相关试剂商业易得，各种生物标记应用广泛。

Cy3.5标记后的产物Ex/Em是591nm/604nm。和它具有相似荧光特性的染料包括Texas Red，Alexa Fluor 594，BODIPY TR，DyLight 594等。

分子式	C41H40K3N3O13S4
分子量	1028.32
结构式
光谱特性	Ex/Em＝591/604nm (PBS缓冲液)
消光系数(ε)	139000L·mol-1·cm-1
量子产率	0.11
外观	深紫色固体
溶解性	可溶于甲醇，DMF，DMSO等有机溶剂，易溶于水
保存条件	避光，-20℃保存

• 磺化Cy3.5水溶性高，极性强，如需脂溶性标记染料，请选择普通Cy3.5-炔烃。
  
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊。