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内毒素清除剂主要用于清除DNA、蛋白质或其他液体样品中的内毒素。在特定的pH值、盐浓度和温度条件下，内毒素清除剂能与DNA、重组蛋白以及液体样品中的内毒素特异性结合，经过室温高速离心后，DNA或蛋白质等保留在水相，而内毒素则被浓缩到极小体积的下层相而被清除。经过3次以上重复抽提后可将活性为5000～50000EU/mL的内毒素水平降低到5～0.5EU/mL以下，即降低1000～10000倍。

• DNA浓度大于1mg/mL时清除内毒素效率降低。由于DNA和蛋白质本身的性质，清除程序可导致10-20％的DNA丢失，所幸的是与清除内毒素的艰难相比DNA更容易提取制备。
  
• 所有溶液应用无内毒素的高纯水配制，所有器械材料均应不含内毒素，玻璃器皿可高温烘烤，非挥发性水溶液可高压120℃高温处理。

• 提取前请将内毒素清除剂放在冰上冰浴5min，期间翻转瓶子数次使试剂均匀预冷。
  
  • 已纯化的质粒DNA内毒素清除：吸取500μL DNA溶液于微型离心管，加入1/10体积3M NaAc pH5.2或1/20体积5M NaCl溶液，冰浴5min。
    
  • 在提取质粒DNA过程中清除内毒素：以碱裂解法提取质粒为例，在加入裂解液和中和液并离心去除碎片之后，吸取含质粒DNA的上清于新离心管中，冰浴5min。
• 加入1/5体积预冷的内毒素清除剂，振荡混匀，溶液变浑浊。
  
• 冰浴5min，溶液应变清亮。
  
• 37℃水浴5min，不时振荡，溶液又变浑浊。
  
• 12000rpm室温离心5min，溶液应分为两相，上层水相含DNA，下层油状相含内毒素。
  
• 将含DNA的上层水相转移到新管，弃油状相，重复抽提三次，即重复步骤2-6三次。
  
• 加入2.5体积无水乙醇，-20℃沉淀30min或过夜；12000rpm离心10min，弃上清；加入70％乙醇洗涤沉淀，12000rpm离心5min弃上清；空气干燥沉淀，加入100～200μL无内毒素的高纯水或TE溶解沉淀。
  
• 用内毒素检测试剂测定样品中内毒素活性，并与初始样品比较。