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琼脂糖是由1,3连结的β-D-半乳呋喃糖和1,4连结的3,6-脱水α-L-半乳呋喃糖相间联结而成。琼脂糖具有亲水性，并几乎完全不存在带电基团，极少吸附生物大分子也极少引起其变性，是理想的惰性载体。琼脂糖在水中一般加热到90℃以上溶解，温度下降到35～40℃形成良好的半固体状的凝胶。琼脂糖凝胶是最常用的分离介质，用作电泳和层析载体，分离生物大分子(核酸、蛋白、多糖等)。

• 样品无需预处理，电泳操作简单，电泳速度快。
  
• 凝胶结构均匀，电泳图谱清晰，分辨率高，重复性好。
  
• 凝胶透明无紫外吸收，电泳结果可直接用紫外光灯下监测。
  
• 易染色，样品易洗脱，便于定量测定。制成干膜可长期保存。

• 根据电泳需要，配制电泳缓冲液。
  
• 准确称量的琼脂糖加入三角瓶，加入电泳液(1%琼脂糖凝胶，即为1g琼脂糖，加入100mL 1×TAE)。总液体量不宜超过三角瓶的50%容积。
  
• 微波炉高火加热至沸腾，保持30秒，戴上防热手套，小心摇动三角瓶，重悬未溶解颗粒，再次高火加热1～2分钟，直至琼脂糖完全溶解。
  
  加热时如胶液剧烈沸腾发泡，停止加热。微波炉中加热时间不宜过长。
  
  
• 溶液冷却至60℃左右，可加入EB溶液(终浓度为0.5μg/mL，其它核酸染料也可)，并充分混匀。
  
• 将琼脂糖溶液倒入制胶模中，在适当位置插上梳子。凝胶厚度一般在3～5mm之间。
  
• 室温下自然凝固(约30～60分钟)，然后放置于电泳槽中进行电泳。
  
  凝胶不立即使用，用保鲜膜将凝胶包好后在4℃保存，可保存2～5天。

• 微波炉溶解琼脂糖时，胶液剧烈沸腾冲溢出三角锥瓶怎么办？
  
  • 总液体量不宜超过三角锥瓶的50%容量。
    
  • 胶液浓度为2%以上的请设置中火加热。
    
  • 胶液剧烈沸腾时，停止加热，戴上防热手套小心摇动三角瓶，然后再次加热至沸腾，直至琼脂糖完全溶解胶液清澈。
• 琼脂糖电泳图像背景模糊的原因及解决办法。
  琼脂糖未完全溶解会造成电泳图像背景模糊不清。完全溶解的琼脂糖，三角瓶内壁应没有粘附琼脂糖颗粒。
  
• DNA条带模糊，拖尾的原因及解决办法。
  
  • DNA降解。样品应避免放置时间过长，避免核酸酶污染。
    
  • 上样量过多。减少上样量。
    
  • 电泳缓冲液失效。多次使用的电泳缓冲液，离子强度降低，pH值上升，缓冲能力减弱，影响电泳效果。建议更换电泳缓冲液。
    
  • 电泳条件不合适。电泳时电压不应超过20 V/cm，温度＜30℃，超长DNA链，温度应＜15℃。
    
  • DNA含盐过高。电泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐。
    
  • 蛋白污染。电泳前抽提去除蛋白。
    
  • DNA变性。电泳前勿加热，用20mM NaCl缓冲液稀释DNA。
• DNA条带淡弱或无条带的原因及解决办法。
  
  • 上样量不够。增加上样量。
    
  • DNA降解。避免DNA的核酸酶污染。
    
  • DNA跑出凝胶。缩短电泳时间，降低电压，增强凝胶浓度。
    
  • 分子大小相近的DNA条带不易分辨。增加电泳时间，使用正确的凝胶浓度。
    
  • DNA变性。电泳前请勿高温加热DNA链，用20mM NaCl Buffer稀释DNA。
    
  • DNA链超长，常规凝胶电泳不合适。在脉冲凝胶电泳上分析。
• DNA Marker条带扭曲的原因及解决办法。
  
  • 配制凝胶的缓冲液和电泳的缓冲液，不是同时配制的。使用同时配制的缓冲液，缓冲液高过凝胶1～2mm。
    
  • 电泳时电压过高。可以在电泳前15分钟用较低电压(3 V/cm)，等条带出孔后，再调高电压。
    
  • 尽量慢慢加样，等样品自然沉降后再加电压。