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本制品由5种不同长度的单链RNA分子混合而成，保存在TE缓冲液中，每条带浓度约为100ng/μl（配成即用型RNA Ladder后，每条带的浓度约为50ng/μl）。使用前与等体积2×RNA上样缓冲液混合即可上样电泳。该RNA Ladder适用于跑尿素变性胶，电泳后可以使用核酸染料如RealGood红色核酸染料(货号：RFT232)或RealGood All核酸染色剂(货号：RFT270)均可以染色得到清晰的条带分离效果。

RNA Ladder(15～50nt)的5歌条带的大小为15、20、25、30、40、50nt。

20% T3.3C TBE-Urea PAGE
电泳条件：1×TBE恒压200V 16～8mA 75min
染色：RealGood Red后染30min
16～40nt RNA上样量1μg，RFT366上样量5μL

组分	规格
RNA Ladder(15～50nt）	60μL
2×RNA上样缓冲液(尿素变性胶，RNase-free)	1mL

保存：-20℃，有效期2年。


以每次上样5μL计算，混合好的单链RNA Ladder可以使用大约25次。

• 单链RNA Ladder产品适用于变性PAGE垂直电泳，不适用于水平琼脂糖凝胶电泳。
  
• 建议单链RNA Ladder现用现配，因为混合有上样缓冲液的单链RNA稳定性不好。
  
• ssRNA实验样品序列和实验样品上样量的不同，显示的片段大小与RNA Ladder可能会有微弱的差别。

以下使用方法均以8×10cm凝胶厚1.0mm示例，其他规格凝胶请适当调整。

一、凝胶制备

• 可以选择尿素PAGE RNA电泳试剂盒(货号：RFT332)或按照以下程序制胶。
  
• 分离胶配制：根据表格一，将不同体积的成分混合，漩涡搅拌至尿素彻底溶解。
  表一：TBE-尿素PAGE分离胶配方表(总体积5mL，适用于厚度1.0mm小板胶)
  

  RNA长度	最佳凝胶浓度	尿素(克)	40% PAA(29:1)	10×TBE	RNase-free水	10%APS	TEMED
  200～1000nt	5%	2.1克	0.625mL	0.5mL	至体积5mL	50μL	5μL
  50～400nt	8%	2.1克	1mL
  30～300nt	10%	2.1克	1.25mL
  40～200nt	12%	2.1克	1.5mL
  10～150nt	15%	2.1克	1.875mL
  6～100nt	20%	2.1克	2.5mL

• 在凝胶模具中灌入适量分离胶溶液（对于mini-gel，凝胶液加至约距前玻璃板顶端1.5cm或距梳齿约0.5cm即可），然后在分离胶溶液上轻轻覆盖一层1-5cm的水层，使凝胶表面保持平整。
  
• 静置10～20分钟，待分离胶和水层之间出现一个清晰的界面后，说明凝胶已聚合。
  
  • 凝胶的聚合时间与环境温度有关。夏天温度较高时，聚合较快；冬天气温低时，聚合时间会延长。可以根据环境温度的不同调节APS的加入量。
• 去除覆盖在分离胶上的水层；按照表二将不同体积成分在一个小烧杯中混合；最后加入10%过硫酸铵和TEMED，轻轻搅拌使其混匀，避免产生气泡。
  表二：TBE-尿素PAGE 4%浓缩配方表(总体积2mL，适用于1.0mm厚度胶)
  

  尿素	40% PAA(29:1)	10×TBE	RNase-free水	10%APS	TEMED
  0.84克	0.2mL	0.2mL	补至体积2mL	20μL	2μL

• 将浓缩胶溶液加至分离胶的上面，直至凝胶溶液到达前玻璃板的顶端；将梳子插入凝胶内，避免产生气泡。
  
• 常温静置30～60分钟，等待浓缩胶聚合。
  
  • 凝胶的聚合时间与环境温度有关。夏天温度较高时，聚合较快；冬天气温低时，聚合时间会延长。可以根据环境温度的不同调节APS的加入量。

二、样品制备
取适量体积单链RNA Ladder样品与等体积的2×RNA上样缓冲液(尿素变性胶，RNase-free)混合，70℃处理5分钟，冰浴制冷后待上样。待测样品也需要进行同样处理。

三、电泳

• 预电泳(可选)：电泳槽内外加入适量1×TBE缓冲液稳压200V预电泳30分钟。电泳结束后，用1×TBE缓冲液彻底冲洗加样孔2～3次，去除残余的尿素。
  
• 上样：根据梳齿确定RNA Ladder上样量，一般是10齿1mm厚梳子RNA Ladder上样5μL，15齿1mm厚梳子上样3μL。
  
• 连接电源线，打开电源开关，按照以下条件电泳。
  

  恒电压	起始电流	结束电流	电泳时间	适用条件
  200V	15～20mA/板胶	10～15mA/板胶	60+min	最佳电压，最优的分辨率

• 等待上样缓冲液的溴酚蓝指示前沿到凝胶底部时终止电泳，取出凝胶进行后续实验。
  

  变性胶浓度	溴酚蓝	二甲苯菁
  5%	35nt	130nt
  8%	19nt	75nt
  10%	15nt	55nt
  15%	10nt	52nt
  20%	5nt	35nt

四、染色
单链RNA推荐用RealGood Red红色核酸染料(货号：RFT232)或RealGood All核酸染色剂(货号：RFT270)染色，两种染料均可以得到清晰的条带分离效果。

• 其余染料如GelRed，Goldview，EB等染色效果不好。

相关搜索：单链RNA Ladder(15～50nt)，单链RNA，ssRNA，RNA分子量标准，RNA Marker(15-50nt)